creation of rd file for mcq.write

ajout Script pour charger une environnement de dev. il charge les dependance, tous les scripts du repertoire R et les data du repertoire data

[mcq.plot.pca] change width=15 en width=8 pour que le cercle des corrélations soit un cercle et pas un oval

aide a faire

modification de mcq.get.metadata pour la prise en charge d'export si les metadata ne sont pas rempli
suppression de la classe cmcq.protq.spectralcounting.sds inutilisé

[mcq.plot.peptide.reproducilibily] changement dans l'axe des x du 1er graphe pour qu'il représente le nb de na plutôt que le nb de msruns

suppression des section non utiliser dans les aides (reste certaine section vide d'example) et maj du script de deploiement.

maj aide mcq.get.dataframe et mcq.get.compar et correction d'erreur dans les aides remonter par R CMD check --as-cran

suppression de multcomp dans les dependance de DESCRIPTION a check aussi 
dans NAMESPACE
correction bug compile de mcq.get.compar

objetisation de mcQ.get.compar en cours
supression de la classe cmcq.pepq.sds dans Allclasses.R
ajout description classes cmcq.protq.by.track dans 
classdefinition.markdown

adding argument wigth and height to function priv.mcq.visualisation.graph and modify mcq.plot.pca to pass to priv.mcq.visualisation.graph

ajout class cmcq.pepq.by.track pour fonction mcq.plot.peptide.modification et mcq.select.pptide.with.modification
ajout option svg a priv.mcq.visualisation.graph
modification mcq.plot.protein.abundance pour fonction avecl a fonction 
priv